Los habitantes de Aztatl�n, que siempre hab�an vivido junto al estero donde se dedicaban a la pesca, se pasaron a la otra parte, de manera que su pueblo qued� en la isla de Mexcaltit�n. Fueron invadidos por los serranos, que bajaron de sus monta�as en una de sus tantas expediciones, y tuvieron que abandonar sus casas durante una larga temporada.
Los franciscanos lucharon a su modo pac�fico contra los serranos, tratando de convencerlos de que renunciaran a su modo de vida belicoso y vagabundo. Recorrieron la sierra desde los primeros d�as de la conquista, de Jora, al sur, hasta Huaynamota, predicando el evangelio. Consiguieron en parte la pacificaci�n de los indios, aunque nunca de una manera completa (habr�a que esperar hasta la conquista de la sierra del Nayar, de 1721 en adelante). Sin embargo, los serranos se familiarizaron con muchas de tantas novedades, como fue la introducci�n del ganado, de las abejas, de muchas plantas y frutas, de instrumentos como el machete y el viol�n, de la lengua castellana y del cristianismo. Se establecieron relaciones entre la sierra y los llanos y valles de abajo frecuentemente interrumpidas por brotes de violencia saqueo y robo, ya que la tentaci�n de caer sobre lo que ve�an como un jard�n del para�so era muy grande para los serranos pobres y guerreros.
Adem�s se refugiaron en la sierra muchas personas, de todas razas, criminales huyendo de la justicia, inocentes huyendo de los malvados, pobres huyendo de deudas que no acabar�an de pagar nunca. Y es que los abusos y las injusticias no faltaban, seg�n lo dec�a el mismo rey de Espa�a:
El Rey
Presidente y oidores de la nuestra Audiencia Real que reside en la ciudad de Guadalajara del Nuevo Reino de la Galicia: nos somos informados que en esa provincia se van acabando los indios naturales de ella por los malos tratamientos que sus encomenderos les hacen, que habi�ndose disminuido tanto los indios, que en algunas partes, faltan m�s de la tercia parte, llevan las tasas por entero que es de tres partes, las dos m�s de lo que son obligados a pagar, y los tratan peor que a esclavos, que como tales se hallan muchos vendidos y comprados de unos encomenderos en otros, y algunos muertos a azotes, y mujeres que mueren y revientan con la pesada carga, y a otras y a sus hijos les hacen servir en sus granjer�as, y duermen en los campos, y all� paren y cr�an, mordidas de zabandijas ponzo�osas y venenosas, y muchos se ahorcan y se dejan morir sin comer y otros toman yerbas venenosas; que hay madres que matan a sus hijos y que no padezcan lo que ellas padecen, y que han concebido los dichos indios muy grande odio al nombre cristiano y tienen a los espa�oles por enga�adores y no creen cosa de las que les ense�an, y as� todo lo que hacen es por fuerza, y que estos da�os son mayores a los indios que est�n en nuestra real corona, porque est�n en administraci�n; y porque, como veis, de estos y otros malos tratamientos que a los dichos indios se hacen, viene el irse acabando tan aprisa, y conviene remediarlo con muy gran cuidado, os mando que lo tengais muy particular, de ejecutar lo que cerca de esto est� prove�do y de castigar con rigor y demostrar a las personas que excedieren, as� encomenderos, como administradores y otras cualesquiera, hasta llegar a privarlos de los cargos y encomiendas si sus excesos lo mereciesen, para que con el castigo de dos o tres en cada provincia, se ponga freno a todos los dem�s y se abstengan de hacer los dichos malos tratamientos y extorsiones a los indios, y aunque habi�ndose procurado auto de nuestra parte, que fuesen bien tratados y amparados en su justicia, como se ve por las muchas causas y provenientes y ordenanzas que sobre ellos se han despachado, no parece que se hayan ampliado como conven�a, y que de aqu� han resultado tantos da�os, trabajos y muertes de los susodichos.
Estos abusos explican por qu� en 1583 los indios de Acaponeta se levantaron en compa��a de otros cinco pueblos para luego refugiarse en la sierra, y por qu� en 1585 los de las serran�as de Huaynamota mataron espa�oles e incendiaron las haciendas. Como siempre, la reacci�n no se hizo esperar: una tropa sali� de Zacatecas y aprehendi� a cerca de 1 000 indios que hicieron esclavos, adem�s de que ahorcaron a 12 jefes.
Muchos frailes no ten�an el tacto necesario para atraerse a los serranos. Una excepci�n notable es el padre Andr�s de Medina, del convento de Acaponeta, estimado por los serranos del rumbo de Huaynamota. Secundado por los indios principales cristianos, logr� (entre 1580 y 1600) que muchos de los alzados bajaran a Acaponeta y aceptaran vivir en pueblos y trabajar en labores agr�colas. Por eso, cuando sus superiores lo enviaron a Guadalajara, los indios que le ten�an confianza protestaron: algunos volvieron a la sierra y los otros reclamaron su regreso a Acaponeta. No fueron atendidas sus peticiones, por lo cual cerca de 60 marcharon a M�xico para presentar al virrey su reclamo, consiguiendo por fin lo que quer�an.
As�, Medina pudo fundar el pueblo de Mamorita, junto a Acaponeta, y los pueblos de San Sebasti�n Huaxicon, Ontetitl�n, Tlachichilpa, San Francisco del Caim�n, San Gabriel, San Pablo y Milpillas.
Pero en general la resistencia de la gente serrana segu�a siendo muy fuerte, ya que no les era f�cil cambiar tan radicalmente, y de un d�a para otro, de modo de existencia: bajarse de la sierra al plan, abandonar las monta�as, su clima, sus plantas, sus animales, para sufrir las consecuencias de un clima diferente (las enfermedades no son las mismas y el organismo no tiene defensas); abandonar la vida trashumante de familias dispersas en ranchos para concentrarse en pueblos organizados; cambiar de cultivos, aprender un nuevo idioma, caer bajo la vigilancia de autoridades extranjeras (sean las espa�olas, sean las de los indios abaje�os; estos �ltimos, enemigos hereditarios) que imponen el abandono de la religi�n tradicional y la adopci�n de la religi�n cristiana, al mismo tiempo que el cambio de costumbres sociales, sexuales y familiares.
Es dif�cil imaginar lo violento del cambio, lo que significaba pasar de un mundo al otro; si eso fue dif�cil para los indios abaje�os, lo fue mil veces m�s para los indios serranos, y la mejor prueba de eso es que su resistencia perdura hasta la fecha. Los huicholes, los coras, los tepehuanes, son los representantes de esta tenacidad que vino a resumirse en una palabra: "libertad". En �ltima instancia, el serrano, como todos los alte�os del mundo, como todos los n�madas, considera que la libertad no tiene precio, que la seguridad material que ofrece el mundo de los pueblos y de las ciudades (alimentaci�n, medicinas, paz) no merece que se le sacrifique la libertad, y con orgullo siente que �l es el �nico hombre libre.
Y para defender su libertad siempre estuvo dispuesto a tomar las armas.